대한불교조계종 제22교구 본사 대흥사의 말사이다. 749년(경덕왕 8)에 의조가 창건하였다고 전한다. 사적기에 따르면 금인이 인도에서 돌배를 타고 가져온 불상과 경전을 금강산에 모시려고 하였으나 이미 많은 절이 있어 되돌아가던 중 이곳이 인연의 땅임을 알고, 의조에게 경전과 불상을 소에 싣고 가다가 소가 멈추는 곳에 절을 짓고 봉안하라 이렀다고 한다.
이에 의조는 금인의 말대로 경전과 불상을 소에 싣고 가다가 소가 크게 울고 누웠다가 일어난 곳에 통교사를 창건하고 마지막 멈춘 곳에 미황사를 지었는데, 소의 울음소리가 지극히 아름다워 ‘미(美)’자와 금인을 상징한 ‘황(黃)’자를 쓴 것이라 한다.
그뒤 수백년 동안의 역사는 전해지지 않는다. 1597년(선조 30) 정유재란으로 절이 소실되자 1598년에 만선이 중건하였고, 1660년(현종 1) 성간이 중창하였으며 1754년(영조 30)에는 덕수가 중창하였다. 한국 육지의 최남단에 있는 사찰로 경내에는 대웅전(보물 947), 응진당(보물 1183)과 명부전, 달마전, 칠성각, 만하당, 세심당 등이 있다.